Manuel (11), Fiona (10) und Aaron (6) sind die „Flusspiraten“. Gemeinsam lösen sie die kniffligsten Fälle. Als Hauptquartier dient der Detektivbande die Penny Lane, das Hausboot, auf dem Manuel lebt. Unterstützung erhalten sie von Kommissar Brummer, obwohl der eigentlich der felsenfesten Überzeugung ist, dass Kinder als Detektive total ungeeignet sind.

Die Flusspiraten jagen den Alligator! Als Fiona zusammen mit ihrem nervigen kleinen Bruder Aaron auf Manuels Hausboot auftaucht, hat dieser eigentlich überhaupt keine Lust darauf, ein Detektivbüro zu gründen. Doch als der Hund einer alten Dame in den Fluss fällt und die drei bei der Rettungsaktion einen Alligator im Rhein entdecken, ist klar, dass sie sofort handeln müssen. Das tolle Sommerwetter lädt zum Bad im Fluss ein! Die Ermittlungen führen in den Zoo, wo die "Flusspiraten" in die Hände skrupelloser Tierhändler geraten...

Die Flusspiraten auf Geisterjagd! Eigentlich sollen Manuel, Fiona und Aaron nur den Papagei einer alten Dame füttern, doch plötzlich stecken die drei in einem unheimlichen Fall: In der Villa spukt es! Unerklärliches geschieht, die Besitzerin ist verzweifelt und denkt daran auszuziehen. Sind hier wirklich Geister am Werk? Die Flusspiraten beschließen herausfinden, was hinter dem Spuk steckt, und verbringen eine Nacht in der Geistervilla...

Die Flusspiraten jagen den grünen Räuber! Ein dreister Juwelendieb verbreitet Angst und Schrecken in der Stadt! Immer wieder entkommt der Täter unerkannt mit seiner Beute. Ein klarer Fall für die Flusspiraten! Hat der geheimnisvolle Mann im grünen Taucheranzug etwas mit den Überfällen zu tun? Fiona, Manuel und Aaron versuchen alles, um den Täter zu entlarven. Und plötzlich stehen sie dem unheimlichen Taucher direkt gegenüber...